甲状腺功能异常不是甲状腺素分泌太多，就是分泌太少，因此针对甲状腺机能亢进与甲状腺机能低下，相关的饮食原则也有不同。
（一）甲状腺机能亢进
通常甲状腺机能亢进的人基础代谢率会高于一般正常的生理状态，所以身体组织蛋白容易分解，易产生负氮平衡，因此可能会有体重减轻与营养流失的情况发生，必须给予适当的营养照护。日常饮食必须注意：
1、 增加热量摄取：以维持理想体重为首要目标，可采用少量多餐的进食方式，避免营养总热量不足。
2、 避免身体呈现负氮平衡：可给予高蛋白饮食。
3、 补充维生素与矿物质：当身体基础代谢快速时，相对于维生素B群的需求量也会随之增加。
4、 减少碘的摄取量：碘是合成甲状腺素的主要成分，减少碘的摄取量可减缓甲状腺机能。含碘量较丰富的食物有紫菜类、海带头、海藻类、昆布、贝类和海水鱼类，甲状腺机能亢进者最好避免。
5、 慎选食用盐：建议烹调菜肴可选用粗盐或不加碘的食盐，取代一般加碘的食盐。
6、 避免加工食品：当服用抗甲状腺机能亢进药物时，须避免食用加工制肉品（如培根、香肠、热狗、罐头肉类），研制水果、研制酱菜、罐头食品，以及含高盐量的食品（如洋芋片、炸薯条等）。
7、 摄取含有甲状腺肿素的食物：当甲状腺肿大时，食物中所含的甲状腺肿素（goitrogens）会干扰甲状腺素合成，有抑制甲状腺机能的功能，因此饮食上可以摄取含有甲状腺肿素的食物，例如：十字花科的蔬菜类（甘蓝菜、花椰菜、蒿苣、芥蓝菜、油菜、包心白菜、大豆）。
8、 减少刺激性的食物：减少摄取对中枢神经系统有刺激性的食物，例如：辣椒、花椒、胡椒、芥末、酒、酒精性饮料、含咖啡因食品、咖啡、巧克力、可可、可乐等。
9、 作息正常：除了上述饮食原则，还要充分休息，避免熬夜与作息不正常，保持身心愉快，适时放松心情，排解压力。
（二）甲状腺机能低下
通常甲状腺机能低下是因为体内甲状腺素不足，使得基础代谢率 ，低于一般正常生理状态，以至于有体重增加、水肿、血脂过高、血糖上升与便秘等现象发生，必须给予适当的营养照护。相关饮食原则包括：
1、 选用含碘量较高食物：若是饮食中缺乏碘而造成甲状腺机能低下，不建议直接补充碘，可以多选用含碘量高的食物类型。
2、 采取低热量饮食：避免体重过度增加，建议采取低热量饮食，有助于维持正常体重。
3、 摄取高纤维食物：多选用高纤维食物可以增加饱足感，而且高纤维食物所含热量较低，可以帮助患者控制体重。除此之外，高纤维饮食配合足够的水分摄取，还可预防或改善便秘。
4、 少吃十字花科蔬菜：日常饮食要减少十字花科的蔬菜类，以免妨碍碘的利用而影响甲状腺机能。
注意心血管问题：通常甲状腺机能低下容易合并心脏血管相关疾病，须多留意心血管问题，建议保持低油饮食，并且避免口味过重的食物类型。