袁世凯死后，黎元洪出任总统。1916年10月，冯国璋当选副总统，一个月后在南京宣布就职。冯国璋就职副总统，马上在南京设立副总统办事机构，以国家元首的姿态公开接见中外记者，向媒体解释自己的治国方略。按照冯国璋的主张，中国的建设要渐次进行，必须反对国民党的激进方针。一时之间，冯国璋在政治上颇为活跃。1917年初，江苏商民鉴于冯国璋坐镇南京，维护社会治安有功，发动集资要为冯国璋竖立一座“丰碑”。时间不长，江苏军界联合会听说了此事，也加入发起募捐。不过不再是集资竖立“丰碑”，而是要建立“冯公生祠”。他们连名字都取好了，借取“华甫”之“华”字，命名为“华园”，还准备在园内为冯国璋铸造一座铜像。冯国璋知道了这件事，赶紧致函辞谢。看到募捐已经完成，冯国璋将建华园和铸像的捐资建成贫民工厂和劝工场，此事一时传为美谈，为冯国璋增添了几分光彩。不仅如此，冯国璋更以反帝制余孽面孔出现。段祺瑞出任国务总理后，将阁员名单派人送到南京请冯国璋核准，冯国璋一看名单上竟有曹汝霖，立刻对身边的人说：“这张名单我能同意吗？连帝制余孽也要当阁员了，太不象话了，芝泉（段祺瑞字）真是胡闹呀，我准备把它退回去！”如此种种，冯国璋的政治资本愈发雄厚。
（图注：冯国璋）
不久，黎元洪和段祺瑞之间产生了府院之争，段祺瑞过于强势，黎元洪无法可施，只好求援于冯国璋。冯国璋赴北京做鲁仲连，没有效果。不久，黎元洪免去了段祺瑞的国务总理职，激起了督军团的集体反对。黎元洪无法可施，只好再次寄希望于冯国璋，徐世昌和王士珍为了平息这毫无意义的内耗，也专门写信劝冯国璋出马。冯国璋则回答道——他反对段祺瑞的跋扈，却也不便斥责他，自己可以做的不过是管束王占元和李纯等人不参与督军团的反黎活动。同时冯国璋又公开道：“总统这次免芝泉（段祺瑞字）的职，似乎冒昧了点。”因此冯国璋的态度表面上是各打五十大板，实际上是置身事外。
冯国璋的消极造成了恶劣的后果，那便是黎元洪荒不择路，居然向张勋伸出求援之手，以至于引狼入室，上演了一出复辟的丑剧。而这一切，都在冯国璋的观望之中。一直到张勋率“辫子军”入京时，向冯国璋发来公函，幕僚问冯国璋如何应对，冯国璋还只是道：“不要管他，人各有志，让他去搞吧，免得在咱们身旁吹毛求疵！”
（图注：段祺瑞）
张勋复辟后，被封为内阁议政大臣兼直隶总督、北洋大臣，留京办事，实际上把持了中央军政大权。冯国璋则受封南洋大臣兼两江总督，级别与张勋相同，实际上逊色多矣。冯国璋观望至此，要的是更高的政治地位，所以他坚决反对复辟。于是，冯国璋在南京发出讨逆通电，电云：
“国家以人民为主体，经一度之改革，人民即受一度之苦痛。国璋在前清时代，本非主张革命之人。迨辛亥事起，大势所趋，造成民国，孝定景皇后禅让于前，优待条例保障于后，共和国体，民已安定。《约法》：谋叛民国者，虽大总统不能免于裁判。清皇室亦有倡议复辟置诸重典之宣言。诚以民生不可复扰，国基不可再摇。处共和国体之下而言帝制，无论何人，即为革命。国璋今日之不赞成复辟，亦犹前之不主张革命，所以保民国亦所以安清室，皇天后土，共鉴此心。乃安徽督军张勋，奉命入京调停时局，忽以大兵围护清宫，逼勒清帝擅行复辟，自称政务总长议政大臣。又捏造大总统与陆巡阅使暨国璋劝进之伪奏，进退百僚，行同儿戏。夫禅让之诏，优待之条，著在史书，传为佳话。今乃一切破坏之，玩国人于股掌，遗清室以至危，是谓不义。自民国成立，延及三年，方得各国之承认，变更国体，是何等事。今以各国承认之民国，变而成为非国际团体之帝国。以一手掩尽天下耳目，中外疑怪，骇人听闻，是谓不智。近年国家多故，天灾流行，金融滞塞，商民痛苦，正赖安居乐业，迄可小庥。乃无故称兵，闾阎惶惑，分裂之端已兆，生民之祸无穷，是谓不仁。保全元首，拥护共和，各省均有宣言，即该督军亦电称不得别图拥戴。乃狐埋狐搰，反复无常，欺诈同胞，藐视国法，是谓不信。若任横行，不加声讨，彼恃京师为营窟，挟幼帝以居奇，手握主权，口含天宪，名器由其假借，度支供其虚糜，化文明为野蛮，委法律于草莽。此而可忍，何以国为。是用誓扫妖氛，恭行天罚，克日兴师问罪，殄此元凶。诸公忧国之忱，过于国璋，尚望慨赋同仇，各摅义愤。敢叶肝鬲，伫盼玉音。”
随即冯国璋又与段祺瑞联名通电，宣布张勋的八项大罪。在这两个最大实力派的带动下，南北各省宣布反对复辟的通电纷至沓来，即便原先的帝制派如杨度、孙毓筠、梁士诒等人也纷纷表示反对态度。最重要的是——冯国璋此时以副总统身份代行大总统职权。
7月3日，段祺瑞在马厂誓师。7日开始军事行动，五天后结束，张勋的“辫子军”不堪一击，真辫子假辫子被丢弃得满城都是。“辫子军”于7月12日挂五色旗投降，冯国璋于14日电请奉还大总统给黎元洪。黎元洪知道尽管自己命令段祺瑞复职，但段祺瑞决计不会尽释前嫌、善罢甘休，因此不愿就职，并通电全国决意去职。
黎元洪出走后，段祺瑞派人来南京见冯国璋。冯国璋道：“芝泉虽某些事情办得不对，但他迫清退位维护共和，马厂誓师推倒复辟，反对帝制出兵参战，有他一定的功绩，不应对他攻击过火。好比一根好的木头，如果一下打断，不能再做支柱，未免可惜。可以让他慢慢下台，以后他能回转头来，还能做国家栋梁。”话里意思明贬暗褒，段祺瑞自然听得出话外之意。他对返京回禀的人道：“既然这样，你再去一趟南京，就说我替四哥（指冯国璋）当一辈子国务总理好了。不过我希望他不要与民争利，请他尽快到北京代理大总统吧。”
来人走后，段祺瑞，还不放心，干脆给冯国璋发电报，电文干只有四个字——“四哥快来”。冯国璋一看之下，心中的棠棣之华登时怒放，连连对身边人道：“你们看，你们看！芝泉这个粗人，芝泉这个粗人！”随即命驾北上，就任中华民国第四任大总统。
冯国璋做出最后决定之前，也曾有过犹豫，是否要离开自己的根基之地南京，北上就职。这时，辛亥年来劝过他一次的靳云鹏又来游说道：“北方的局势如一个大香炉，香炉三条腿，大总统您是一条，其他两条是总理和东海（指徐世昌）。有这样三条腿，您还怕香炉站不稳吗？我保证，这次四哥到了北京，能做一辈子的总统。”冯国璋听后心里踏实许多，就此下定决心，北上就职。不过，冯国璋还是留了条后路，出发前以总统身份调任最亲信的江西督军李纯为江苏督军，陈光远为江西督军，为自己守住江南大本营。
民国政府的收入不稳定，也难免要影响到总统的个人利益。冯国璋做地方大员的时候，对财政上的事情一向敏感，他知道大总统其实是名义好听，一旦经济匮乏，没钱可花，到时的滋味就不好受了。因此，冯国璋在入京代理大总统前特别向段祺瑞提了一个条件，那就是将崇文门监督一职要到自己名下，因为崇文门监督是个肥缺，每个月可以稳定的收到二十万元商业税，可供总统府的开支。
（图注：王士珍）
一个月区区二十万的收入固然可以解决总统府的开支，对于很多国务大事来说无济于事。因此，冯国璋也难免像黎元洪一样，有时候要自掏腰包。当时段祺瑞仍居幕后，王士珍暂代国务总理。冯国璋想让他派个人到广西督军陆荣廷那里去调停一下南北冲突，当王士珍请示川资如何开销的时候，冯国璋却又不肯出这笔钱，而是让国务院自己去解决。王士珍听后，私下里大发脾气，愤愤道：“这件事还不为的是他，我又不贪图什么！我一天到晚狗颠屁股垂似的，为的是谁？这一点钱，他还不往外拿！”最后，这笔款项还是由国务院开销，而王士珍对冯国璋的吝啬意见很大，没干多久便挂冠而去，国务总理又成了段祺瑞。
冯国璋进京后，先拜访黎元洪，再次力言劝其复职；又派内务部总长汤化龙为大总统代表，进宫答谢清廷对他荣升大总统的祝贺。随后，冯国璋将王士珍、段祺瑞请进府来，畅叙友谊。冯国璋极为亲切道：“咱们老兄弟三个连枝一体，不分总统、总理、总长，只求合力办事，从今而后再也不会有什么府院之争了。”这仅是表面文章，冯国璋决不是第二个黎元洪。他是一个有军队、有地盘、有势力、有野心的、不低于段祺瑞的实权人物，他决不象黎元洪那样，甘心当“盖印机器”。
冯国璋与段祺瑞执手相对，誓言今后再不会有府院之争。可惜，接下来不久就发生了新的府院之争，而且较之前一次，有过之而无不及。黎元洪和段祺瑞的旧府院之争，是名器之争，有民国元年内阁制与总统制之论争的余响。冯国璋与段祺瑞的新府院之争，却是政见之争。
段祺瑞上台后，以“再造共和”功臣自命，独揽军政大权，拒绝恢复《临时约法》和召开国会。于是孙中山以维护《临时约法》为号召，联络海军总长程壁光及西南军阀于1917年9月在广州建立了与北京政府对峙的护法军政府。段祺瑞鹰扬虎视，提出“武力统一”，要用武力征服全国，把南方护法军政府当作敌人；冯国璋却希望“和平统一”，视西南实力派为愤而出走的兄弟。
9月18日,零陵镇守使刘建藩和驻衡阳湘军旅长林修梅通电宣布湖南“自主”。10月6日，护法战争首先在湖南爆发。正当段祺瑞全力对南方用兵之际，冯国璋正式提出“和平统一”政策，即保持西南各省现状，以换取西南实力派对北京中央政权的承认，保持中国名义上的统一。冯国璋为了贯彻“和平统一”，利用他直系首领的地位，密遣其婿陈之骥赴湘，运动前线的第八师师长王汝贤、援湘军副总司令范国璋联名通电主和。于是王、范通电：“恳请大总统下令征求南北各省意见协议组织立法机关，议决根本大法，以垂永久而绝纷争。”紧接着，冯国璋又策动“长江三督”（李纯、王占元、陈光远）联名提出停止湖南战争，撤回湖南督军傅良佐，改善内阁和调整倪嗣冲安武军驻防四项主张。就这样，段祺瑞对南方的战争彻底失败。
12月25日，冯国璋发布“弭战布告”，要求南北两军“于军事上先得各方之结束，于政治上乃徐图统一之进行。”新府院之争中，冯国璋的“和平统一”一时占了上风。
段祺瑞虽然一度下野，皖系实力仍存无损。因此段祺瑞下台后，竭尽全力破坏冯国璋的“和平统一”政策。他首先拉拢直系内部主战派首领、直隶督军曹锟于12月召开“天津会议”，策动继续对南方用兵。同时，段祺瑞还指示徐树铮联络奉系张作霖派兵入关，以威胁冯国璋。冯国璋虽有陆军第十五师、十六师，仍感力量单薄，而敷衍西南的“和平统一”政策因进行缓慢而无效果，致使护法战争于1918年1月中旬重新交火。段祺瑞的计策得逞，冯国璋在北京陷于孤立。
终于，冯国璋在北京呆不下去了。1月26日，冯国璋以出京巡视为名，率领卫队乘火车南下，准备回南京再图大计。冯国璋的专车抵达天津，曹锟率直隶军政大员在车站欢迎。冯国璋一行人在天津曹家花园小住了一夜，当晚曹锟私下向冯国璋表示：“无论是和是战，我们这些人都坚决服从大总统的命令！”第二天，冯国璋继续乘专车南下，经济南前往安徽蚌埠。得到了消息的段祺瑞深知这意味着什么，急电安徽督军倪嗣冲——务必阻止冯国璋前往南京。
（图注：倪嗣冲）
冯国璋专车刚抵达蚌埠。倪嗣冲立即率亲信十余人到站迎接。倪嗣冲见到冯国璋劈头第一句就道：“在天津小站时，咱还是个文官，如今居然也领兵了，咱们多时相好，如今你是大总统，我还是个督军，天差地远，我看这督军觐见大总统的大礼就免了吧！”下车后到了倪嗣冲署府，冯国璋也不甘示弱，刚坐定，就对倪嗣冲道：“督军不听中央的命令不必说，就是一个师长、旅长，索饷索械比什么人都凶，一点点不如意就通电反对中央，请老弟代我想想，这样的总统做得下去吗?”倪嗣冲因事前接到段祺瑞密电，所以对冯国璋的态度极为恶劣，他竟然指着冯国璋说：“是战是和，你是当总统的，总统先有个主意，究竟你的主意何在?你为何不明白说出来！你和段总理已是数十年的老朋友了。可是，现在你只顾自己的总统地位，而不顾总理的面子，此种举动真令吾辈寒心！”
不待冯国璋讲话，倪嗣冲一番话径直将他逼到墙角：“不知总统是否还记得当年在天津武备学堂当学生时候，校长不是我们安徽的李文忠（李鸿章）吗？如今安徽人真倒霉了，当年卵翼出来的学生一个个都忘了本，同咱们捣起蛋来，这还了得吗！”说到此，倪嗣冲动情流泪道：“总统，现在国家已经危险万分，我们北洋也到了万分危险的时候，你看南方的势力这样嚣张，还有小人在总统跟前挑拨，说你是直派，说段总理是皖派，说你俩闹意见，现在又造谣言说直皖两派要分。若真的分了，我们自相水火，那北洋就完了！”
倪嗣冲一席话将冯国璋逼到墙角，竟也使冯国璋也流下了眼泪。跟随冯国璋的田文烈见此情形，赶紧圆场道：“总统原来是与倪督军、张督军诸君商议讨伐西南之事呢，既然这样，待总统回去即下讨伐令好了。”冯国璋借此台阶，准备抽身南下，继续去南京。倪嗣冲坚决挡驾道：“你若回北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此！”不得以之间，冯国璋只得折回北京。
冯国璋回到北京，别无选择，只能按照自己对倪嗣冲的承诺下了讨伐令，派曹锟、张怀芝、张敬尧率军进入湖南。不过，冯国璋还是发布了一份“罪己布告”，解释了自己的动机——“上年湖南事起，阁议主张用兵，国璋冀以武装促进和平，而未尝以力征誓于有众。长沙陷落，大损国威，正宜申明纪律，激励戎行。国璋不审傅良佐等之躁率而任用之，是无知人之明也；叛军幸胜，反议弭兵，国璋轻许之，是无料事之智也。国璋即当返我初服，以谢国人。”
冯国璋效法古代君王，用“罪己诏”的形式缓和与段祺瑞一派的紧张关系，尽力向段祺瑞表示让步，以平息皖系的怨气。这年3月，冯国璋复任段祺瑞为国务总理。如此，段祺瑞的“武力统一”又占了上风。
冯国璋终究是老狐狸，并不甘心“和平统一”的失败。他密电曹锟率兵南下“适可而止”，不必过于深入为他人效力，“以恢复湘省为止”。 曹锟接电后，心领神会，回电道：“决不令主座为难。尽请放怀。”吴佩孚率直军攻占长沙，段祺瑞向他发电：“直捣两广”。吴佩孚借口饷械供应不及，故意按兵不动。段祺瑞为了早日完成他的“武力统一”，极力笼络曹锟和吴佩孚。当段祺瑞准备升任曹锟为两湖巡阅使兼湖北督军的消息传出后，冯国璋急忙致电曹锟：“久戎于外，直隶根本之地，未免空虚，倘有疏虞，便无退步。”于是直军占领衡阳后，曹锟力辞两湖巡阅使，立即回到天津。吴佩孚亦屯兵不前，并与护法军划界停战。冯国璋背后的一连串手段，致使段祺瑞的“武力统一”到此为止。
段祺瑞横下了心，再以名位引诱曹锟、吴佩孚继续为他卖力。他授曹锟为川粤湘赣四省经略使，授吴佩孚为“孚威将军”。未几，段祺瑞使出杀手锏——暗地里将副总统之位许给曹锟，并且亲往湖北犒师。冯国璋恐怕曹锟再次受骗，便派陆建章赴天津说服曹锟，放弃南征，回到直系与李纯等人合作，把局面转向“和平统一”。
结果陆建章刚到天津，就被段祺瑞的第一亲信徐树铮诱杀。段祺瑞深知阻碍“武力统一”的主要障碍是冯国璋，而冯国璋的护身法宝就是大总统身份。所以，段祺瑞指使亲信王揖唐为首的“安福俱乐部”收买政客，操纵国会选举，要把冯国璋赶下台去。“安福系”乘冯国璋继黎元洪总统任期已满，按照事前的部署，提出选举徐世昌为新总统。冯国璋在与段祺瑞斗了整整八个月之后，终于等到了9月4日的总统选举会。与会议员436人，徐世昌得425票，余者段祺瑞5票，张謇、王士珍、王揖唐各1票，冯国璋一票也无。冯国璋为期两年的总统生涯宣告结束。不久，冯国璋离京回到故里河间。
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