原标题:德川幕府的覆亡
18世纪及19世纪交汇之际，由欧美前来的捕鲸船、商船、炮舰相继出现在日本水域，次数日增，而且不断提出许多要求，令日人疑惧。日人的猜疑并非完全没有理由，西方列强事实上是国家强权的象征，亦代表资本主义及民族主义革命，这些革命已在欧美进行，亦逐渐伸展到其他地方，最后要彻底改变整个世界。日本亦无法摆脱此种命运，它们把日本的一些本来只不过是陈年旧账的问题引爆成一场革命。维持德川秩序的人面对这些问题已有数百年，每当遇上社会中农民及武士间的不满或财政危机时，将军及诸大名都会运用其库藏解决，尚能勉力稳住大局。但在这趟浑水中却来了一些不知所以的外国强权，挟其军事、经济及文化的优势，要求一种闻所未闻的新式国际秩序，德川幕府的统治合法性因此突然受到质疑。
幕府虽面临重大威胁，但它仍一度有挺下去的可能。在19世纪60年代中期，幕府曾尝试推动军事改革，调整江户与各藩间的关系，接受最新科技。但驻日外交人员却各怀鬼胎，英国表面上中立，私底下却与反叛的外藩暗通款曲，有部分英商甚至直接援助诸大名；法国则支持德川改革者，希望借此扮演一个主导角色，把日本整合到西方的外交及经济圈。
结果还是英国人比较善于运筹帷幄，决算千里。幕府倚赖旧秩序太深，无法摆脱其沉重的传统负担，至于各外藩大名，他们虽与幕府同样小心翼翼，有时甚至会镇压藩内反叛者，但在关键时刻，外藩仍敢支持较富创造性的人。这些人多半来自低下阶层，自命不凡，勇于行动。他们揭橥“尊王攘夷”大旗，逼幕府交出大权，最后发动近代史上最伟大的革命。
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西方列强与不平等条约
第一个重新对日本产生兴趣的西方列强是俄国。到18世纪80年代，俄国探险家便到达西伯利亚东部的广大林区，猎人与商人的活动亦遍及库页岛及千岛群岛北部，甚至涉足北海道，俄国政府亦对沿海地区进行探测。1792年及1804年，俄人进一步前来北海道及长崎，要求幕府给予通商权利，但幕府委婉地拒绝所请。这只是一个前奏，此后数十年间，类似要求接踵而至，间或出现武装冲突。1806—1807年，俄国海军便曾攻击日本人在北海道、库页岛及择捉岛上的殖民区。
一年之后英国亦加入这个需索行列，1808年，英国战舰“马车”号进入长崎港，宣称当时英国正受拿破仑封锁，要攻击港内荷兰人。1818年，英船开进江户附近的蒲贺湾（今千叶半岛西部），但幕府马上拒绝其通商要求。为应付此等不速之客，幕府在1825年发布《异国船打拂令》，凡外国船进入日本海域者，一律以武力驱逐，这是实行
锁国政策以来最严厉的一次规定。1837年，美船“莫里森”号前来，本拟提出同样要求，却遭无情炮火轮番轰击。1844年，在长崎进行贸易多年的荷兰人，在其给幕府的年度报告中附上荷兰国王威廉二世致幕府的书信，信中指出世界形势已变，西方的外交体制及通商活动遍及全球，日本将无法独善其身，应积极参与。
震惊中外的鸦片战争成为荷兰人书信的一个有力注脚。1839年，由于鸦片为害甚巨，中国政府曾尝试禁止此种贸易，但英国借口保卫“自由贸易”，发动战争。1842年，中国终于屈服，在《南京条约》中，中国被迫开港通商，并接受英国人建议的关税率，英国人亦在中国领土上获得治外法权，其子民在华若有法律纠纷，会由英国官员处理。凡此种种，均开以后日本对外关系的先河。
当得知鸦片战争的消息时，部分日人深为忧虑。幕府老中水野忠邦（1794—1851）便表示：“战争虽发生于国外，但于我邦仍是一种示警。”然而德川官员并未接受荷兰人的劝告，无意为躲避战争而缔约通商，不过他们仍采取了一些新措施。1842年，幕府放宽了1825年的《异国船打拂令》，规定西方船只若因海难进入日本水域，当地官员可以提供燃料及食物，并保护他们平安回到海上。除此之外，幕府亦接受水户藩等改革者的建议。阿部正弘（1819—1857）在1845年出任首席老中后，便开始在幕府要地建立海防，他亦容许其他大名发展军备。
幕府对列强压力的响应并未能纾解困厄，反而削弱了其地位。因为当时日本政坛有些政治活跃分子正崭露头角，幕府的措施强化了他们的国家意识。事实上，鸦片战争证明了他们心中最害怕的状况，来自西方的蛮夷贪得无厌，他们不但要通商牟利，更要掠夺领土。在此种情形下，日本似应仍坚守原来的锁国政策，但从现实层面考虑，避免战争是当时较合理的选择，可以让幕府及诸大名有时间巩固防务。因此幕府对列强应至少做短期让步，不能死硬锁国，否则无法马上输入西方科技，作为国防之用。幕府是以处在一个进退维谷之境，若采取强硬立场，则必须马上面对战争，但若要争取时间建立国防，则又显得懦弱怯战。
从今天的角度看，当时日人所提的各种攘夷理论似是废话，极不理性。至少在亚洲，西方列强并非以征服为唯一目标，他们更看重商业利益，而非领土。但日本人的恐慌性忧虑亦非全无根据，西方的自由贸易是一种意识形态，它建基于一种自以为是的道德信念，凡所到之地，绝对不肯让步，在必要时候，亦会毫不客气地实施殖民政策。因此德川时代日本人的看法也有其道理，他们认为西方夷人所贩乃奇技淫巧，得之无所益，失之亦不足惜，故列强的到来的确威胁到他们的生活方式，无论是实际生活还是政治生活，日本都将面临新变化，从此走上一条不归路。
1853年，美国海军准将马休·佩里（MatthewPerry）来日，带来了西方列强历来最明确有力的信息：若不愿和平签订商约，则只有付诸武力一途。佩里之行是美国向西扩展的里程碑。首先是美国的捕鲸业已竭尽大西洋的渔获，当时正进入太平洋深处的渔场；其次是美国在1848年美墨战争中取得加利福尼亚州后，对太平洋商业及军事上的野心油然而生，甚至有意与英国竞一日之雄长。不过佩里当前最迫切的需要，则是要日本保证出售煤炭给美国海军，并为捕鲸业者提供补给港口。
佩里1853年7月的东京湾之旅及翌年的重访日本，是划时代的历史事件，其过程既有趣，亦处处存在沟通问题。当佩里在1854年重访日本时，日本人为其举办相扑游戏，目的是向美国人示以兵威，但美国客人却毫不在意。其中一位客人在其日记中描述，相扑是个“挤推、叫骂、拉扯、呼喊、扭打和蹦蹦跳跳的玩意，但看不出他们要干些什么”，因此他下了一个结论：“这玩意是要展示力量，但毫不成功，我只看到一两个扑跌。我所认识的摔跤手很多块头只有一半大，但他们若看见这些比赛，一定会捧腹大笑。”另一方面，美国人亦力图展示西方最新科技，其中包括一辆比例1/4的火车头及一道全长约113米的圆形火车轨：“蒸汽在冒升，一个工程师已登上驾驶室，而幕府派来的官员亦已就位车厢中，火车风驰电掣，时速达每小时约30公里。”日本官员的长袍在风中翻飞，据说他颇惬意于此次火车之旅。
上述事件无法掩盖佩里是一个硬绷绷且毫无幽默感的人，他在1853年7月离开日本前，留下一封措辞严厉的信，表示会再回来等待回复，信上说：“敝人为示友好之意，是次只带同4只小型战舰，明春再回江户时，若有需要，必会带同更大型的舰队。”佩里之行引发江户内外的恐慌，它亦促使幕府做出一个史无前例的决定，即为了向美国让步以避免战争，幕府必须取得国内共识，因此幕府下令各大名以书面形式提出应付美国人的最好办法。
1854年初，佩里如约率领9条战舰重回日本，其中3条是蒸汽船。幕府同意美国船只可以停靠在较偏远的下田和函馆，美国亦获准在伊豆半岛南端的下田设立领事馆，这个所谓《神奈川条约》亦陆续适用于法国、英国、荷兰及俄罗斯等欧洲列强。不过幕府仍不肯答应马上开港通商，然而西方各国仍锲而不舍，继续要求。美国首任领事汤森·哈里斯在1856年到下田履新，他恐吓幕府，表示若不答应美国的商约要求，英国可能会提出更苛刻的条款；若幕府同意其所请，它可以成为各国仿效的模式，这样反而有利于日本。
1858年7月，美国终于不费一枪一弹，与日本签订《日美友好通商条约》，其内容大致与中国在鸦片战争后所订条约相仿。幕府官员了解到国内政敌会趁机大肆攻击，不过他们认为除此之外别无他选；若诉诸战争，不会有什么效果；若把寄希望于新的谈判对手，要求也不会变得更宽容。
《日美友好通商条约》内容包括开放8个通商口岸，更值得注意的是日本放弃关税自主权，亦允许条约港口的治外法权。条约中硬性规定进出各条约口岸货物的通关税率，日本政府以后无权更改；外国国民若在日本触犯法律，会在领事法庭审判，审判法官是外国人，所用法律亦是外国法律，这通称为“治外法权”。幕府其后与其他西方国家订立相同条约。
这些“不平等条约”无论从理论还是实际层面来看都可以说是国耻。如果要找些光明面，则只是美国同意日本的要求，不进行鸦片贸易，贩卖者会受法律制裁，而英国亦不反对此项约定。假使鸦片能自由进入日本，日本历史的进程也许是完全不同的面貌了。虽然如此，这些“不平等条约”仍置日本于半殖民地地位；从法律角度而言，日本在政治及经济上均成为外国政府的附庸。在此后数十年间，屈辱事件层出不穷。很多令日人愤恨的罪案，其结果最多是罪犯从轻发落，甚至无罪释放。在19世纪70年代及80年代，全国报纸的版面中常会出现很多令人气愤的新闻，例如强奸者无罪、伤人者获开释，等等，每一次的事件都严重打击日本人的自尊心，这亦可以说是损害日本主权的另一种方式。
但如果说“不平等条约”所践踏的民族尊严及主权早已存在于日本1000多年的历史中，这种看法则是错误的。事实上近代日本民族主义的创立并不早，它是在19世纪初至60年代间洋人势力东渐后，在日本与其不断交往的过程中逐步形成的。在此期间，从幕府官邸、大名城堡以至各个私人学塾中，关怀时势的武士希望从历史及时政的辩论中找出对策，由此一个新的“日本民族”的概念才得以慢慢形成，成为守护以及统治的对象。另一方面，德川幕府一向宣称的只有它才是日本的正统“守护神”这种观念亦日渐削弱。
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德川统治势力的瓦解
通商口岸贸易对日本经济造成的冲击是立竿见影的。外商发觉在日本可以用银块换取黄金，而其黄金价格只是当时世界价格的1/3，他们自然欢喜若狂。在首年的贸易中，外商大量购买黄金，以3倍价钱在中国市场出售。1860年，幕府为控制财政上的损失，不得不降低金币成色，与世界其他地区的价格看齐。但黄金成色的减低却促使货币供应量大增，最后导致通货膨胀。另一方面，丝价亦因外商需求而上升，到19世纪60年代初达到原来价格的3倍，无论外销还是内销，其价格均无差别。与此同时，外国商品由于价廉税低，得以大量进口，其中以棉织成品最明显，消费者固然可以享用低价商品，但不少日本生产商却因此而破产。
消费者及制造业者均表示不满，并采取暴力手段抗议。1866年通货膨胀达到高峰，城市居民忍受不了米价持续上升，便在江户及大阪发动暴动，捣毁数以百计的米店，各地城市附近的乡镇亦出现类似暴动。1866年，制丝工人间亦酝酿着不安情绪，江户西部地区约有6000名农民及制丝工人发动暴动，为期达一周之久。他们由村过村，沿途吸引不少人加入，债主、地主、村中的领导层及放贷者等人的房屋均遭破坏，最后幕府不得不出动军队镇压。
上述的抗议活动通常以日本人为目标，特别是都市中的米商及农村里的放贷者，参与抗议的人都认为这些人是剥削阶级。但到19世纪60年代则不同，不少人开始指责外国商人是造成人民生活困苦的罪魁祸首，制丝工人其实在丝织品需求增加及丝价上扬中得到不少好处，但他们亦加入反对行列，而且矛头渐转向日本当局，因为是当局准许外人前来经商的。国学者平田笃胤的门徒便借诗歌发泄其不满情绪，一名在日本中部伊那河谷制作蚕丝的女子，闺名尾松多势子，写下一首著名诗歌：
真令人讨厌
为丝绸而搅动今日的世界
自从那些船只由外国开到诸神及天皇国度来
为的是寻找珍贵的蚕蛹
人心虽敬畏交加已纷乱如丝充满愤怒
无论是用行动还是诗歌表示不满，民众的愤怒并未真正导致德川幕府的覆亡，不过幕末志士一直攻击幕府虐害百姓，轻蔑天皇，民众种种抗议无异于为倒幕浪潮火上加油。
强迫开埠还造成更直接的政治冲击。幕府对外政策的最终目的仍是限制外人活动，但其做法却一反常规，对全国的武士及大名采取协商姿态，结果削弱了幕府统治的合法性，加速了自身衰落。
1853年，幕府老中阿部正弘在面对佩里初次访日时，要求各大名提出对策。表面上阿部是广开言路，实际上他了解幕府的做法会招致国内极大反弹，故希望事前取得共识。在某种程度上这可以说是日本国内政治的“开国”，与对西方“开国”同样重要，但我们一般只知道佩里访日的影响，而忽略国内层面的变化。所谓无心插柳，它暴露了幕府的弱点，亦为过去一直遭受政治压迫的雄藩开启了权力大门。这些雄藩包括萨摩、长州及土佐等，它们是所谓的外样大名，在1600年关原战役中便对德川家康采取敌对立场，虽然经过200多年，但各藩大名及武士的反德川情绪仍不绝如缕。至于德川内部，身为亲藩大名之一的水户藩对幕府有极大影响力，它亦力主改变现行政策，重新调整幕府、诸大名及朝廷三者间的权力关系。水户藩的看法亦受到会津及越前等亲藩大名的支持。水户藩主是德川齐昭，他是一个死硬的攘夷论者，水户藩亦成为尊王攘夷（当然表面上仍是尊德川幕府）的大本营，集结了不少如会泽正志斋这样的学者在其麾下。
对德川幕府造成更严重打击的是1857年与1858年的两个事件，即有关将军继嗣问题与签订《日美友好通商条约》的争议。将军德川家定年纪不大，但体弱多病，本人亦无子嗣。原本由阿部正弘担任老中一职，他身负幕府行政最高负责人的重任，但在处理佩里要求时深受诸大名的批评，不得不在1855年引咎辞职，其继任者为堀田正睦（1810—1864）。堀田马上要面对上述两大难题。一方面是将军家定身染重症，堀田必须马上解决继嗣问题。另一方面居于下田的美国领事哈里斯正积极策划订立日美商约，堀田亦需要考虑与美国及西方各国再订新约，但不能触犯正满腔怒气的大名。堀田是属于所谓谱代大名的一员，该集团掌控决策权力，因此偏向一个较易受控制的继承人，最后他们选中了亲藩大名纪伊藩主德川庆福，年方十二岁，政治上不构成任何威胁。但水户、萨摩及其他几个比较倾向改革的大名却联合起来，不但反对与外国再订新约，亦反对立嗣德川庆福，他们属意于德川齐昭之子，以其年长及贤名闻于国内，已过继给一桥家，故又名一桥庆喜。
在此关键时刻，堀田为强化其在外交及将军继嗣问题上的发言权，便上奏天皇，请求批准与美国签订的商约。堀田更打破惯例，亲自带上大批礼物，在众多扈从的陪同下入觐孝明天皇，希望能得到朝廷支持。孝明天皇亦打破朝廷一向不过问外交内政的惯例，反对日美商约。孝明此举得到朝臣及改革派大名如水户藩的支持，他不但否决日美商约，同时亦暗示赞成一桥庆喜为将军继嗣。
堀田两头落空，可以说是遭受极大挫败，唯一的出路便是辞官归里，然而损失已无法挽回，朝廷公开表示不再无条件支持德川政权，这对幕府威信不啻是个空前打击。从此之后，日本开始了一个长达十年的三足鼎立的政治游戏。主角之一是幕府中的死硬派，他们主要是参与幕府的谱代大名，虽然主张开国外交、军事及财政的各种改革，
但坚持以幕府原来的行事作风达成，其目的是巩固幕府传统权力。另一主角是若干有力外样及亲藩大名的领导层，亦包括部分朝廷官员，其立场与前者针锋相对。他们以尊王攘夷为口号，欲借此转换整个领导中心，夺取权力。第三个主角的社会地位较低，他们是所谓以忠义自诩的勤王派，或称为“志士”，为达成他们的政治目的，不惜对其国内政敌或夷人使用恐怖手段。
这些志士通常都是愤世青年，出身于中下级武士阶层，不过亦有不少热衷政治的农村及都市精英加入他们的行动，甚至包括一些积极的女性。在整个日本革命过程中，他们在理念及行动上都扮演十分关键的角色。这些志士大都自视甚高，认为无论从先天背景还是后天学养，他们的学问均足以为其藩主或整个日本安世济民。虽然他们口中的日本仍是一个未能清晰界定的概念，但天皇无疑具有代表性的象征。在传统的德川仕途养成过程中，文武训练是合而为一的。武士在学校一面诵读儒家经典，一面亦学习剑术及武道。由于此种双重训练，他们认为自己在思想和行动上均负有责任：一是要为当前社会问题求取解决方案，二是以大无畏精神将其付诸实践。
大盐平八郎（1793—1837）是上述精神及实践最具代表性的人物。在19世纪30年代，他是大阪町奉行（市政府）的一个下级武士，在思想上属于阳明学派，主张正义之士必须以行动体现其理想。1837年日本出现所谓“天保大饥荒”，大盐痛恨高层武士不理睬他的请求，未能及早赈济受灾平民，因此他率领大阪市民揭竿而起，把大阪1/4的房屋夷为平地，最后为幕府军队所平定。
到19世纪50年代，日本各藩亦出现类似愤怒且力求实践的异议团体，而且有互相呼应联合起来的趋势。其中尤以萨摩、长州、土佐及肥前等藩最具影响力，因为这些藩的藩主及高级官员对勤王派均采取同情态度。在各个勤王派团体中，最著名的是吉田松阴（1830—1859），他是长州出身的儒学武士，声名远播。1859年，幕府大举镇压全国异议者，吉田因而被杀，不过他的信徒仍继续致力推翻幕府，而且不少人在日后成为明治政府的中流砥柱。京都以及各地城堡的庙宇及旅馆，均成为此等志士秘密聚会的地方，最后演变为革命的温床。
志士的思想来自理想主义与实际改良主义的折中，他们主张直接诉诸武力行动，认为现存制度不尊重人才，让他们投闲置散，这当然有些自我投射的味道。他们推崇天皇，反对夷人以武力入侵日本。他们把仇恨转化为行动，以暗杀方式对国内政敌及外人进行报复，受害者包括美国领事哈里斯的荷兰翻译员及一位著名的英国商人。不过有一点值得我们注意，虽然他们最初的政治理念是以抗衡外国坚船利炮为出发点，要利用刀剑把夷人马上赶出日本，但不少志士了解到这只是一时气愤，成功的希望微乎其微，故很多人一早便放弃极端做法，改以实际手段应对。是以时间一长，不少志士开始了解到西方有许多地方值得学习，不能无视它的存在。土佐藩的坂本龙马（1836—1867）是最典型的例子，直至今日他的故事仍是日本历史剧中的常见题材。最为人传诵的故事发生于1862年，当时坂本偷入一个幕府官员胜海舟（1823—1899）的官邸，胜海舟力主用西法改造幕府海军，故坂本决意要取其性命。当时已拔剑相向，但胜海舟却说服坂本先听他说明要实行海军现代化的理由。经过一个下午的长谈，坂本不但没有杀他，而且被其现代化是改革必由之路的说法说服。随着时间的推移，越来越多的志士像坂本龙马一样，开始深入了解西方的思想、制度及科技，并逐步将其根植到日本土壤。
本照片摄于1869年东京，最左边是长州的伊藤博文，最右边是萨摩的大久保利通，中间两个年轻人是萨摩藩藩主的儿子。其时年轻武士以尊王为口号，成功推翻德川幕府。然而目前多数学者已不认同此观点。（石黑敬章提供）
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暗杀与协调的政治
德川幕府面临的威胁有三个：列强、桀骜不驯的大名及头脑发热的武士。但幕府却手足无措，政策前后矛盾，无法应付此种新局面。幕府领导人在开始时采取妥协态度，但不如意时又采取强硬路线，以后一直在两者之间举棋不定。他们希望发奋图强，振作幕府，但又不愿下放权力。堀田的继任者井伊直弼（1815—1860），是德川幕府创立以来少数获得大老职位以统辖幕府的人，他放弃堀田的妥协政治，企图重建德川的垄断权力，因此不顾朝廷反对，在1858年7月径自与哈里斯签订《日美友好通商条约》。在继承问题上，他选择德川庆福为世子，并向朝廷及诸大名明确表示不要插手幕府的内政外交，当然亦包括将军继嗣问题。1858年，井伊兴起著名的安政大狱，很多改革派大名被迫退出幕府，德川齐昭亦遭软禁，约69名倒幕志士被杀或入狱。
不过为时已晚，倒幕的瓶口已打开，镇压行动亦无济于事。1860年3月，水户志士于江户城的樱田门外刺杀井伊，宣称井伊是个专横无道的大臣，不但杀戮同志，而且轻蔑天皇，大逆不道。井伊之后继者再次回到妥协路线，为了取得朝廷及有力雄藩的支持，幕府在某些关键地方做出让步，不过对急进派武士则未手下留情，继续镇压。而朝廷首都京都，无论在象征还是实质意义上，已变成各方力量竞逐权力的地方。
幕府的新领导人为推动其妥协政策，提出“公武合体”的口号。所谓“公”是指朝廷，“武”是指武家，但其实质意义则因人而异。对幕府而言，“公武合体”意指朝廷与幕府关系水乳交融，其象征是促成皇妹和宫下嫁新任将军德川庆福（出任后改名家茂）。对萨摩、长州及土佐等雄藩与水户、会津等亲藩大名而言，“公武合体”则别具含义，其意指政治权力由江户转移至京都，于此成立大名会议作为决策中心，因此将军降至与其他大名无异，最多只能说是首席大名的地位，但仍以天皇为侍奉中心。
幕府没有其他办法，只好接受部分大名改革的要求。1862年，幕府同意停止实行多年的参觐交代制，让大名可以改善其拮据的经济。幕府向来在政治上监管诸大名甚严，现在亦愿意松缚，允许诸大名可以使用余款加强各藩海陆军，以助国防，不过其结果却是增强了大名的反抗力量。幕府亦同意委任三个有力大名为“三大老”，成为将军的特别顾问。
幕府原来是希望借对大名让步以分化急进派武士与其藩主间的关系，得以全力对付急进武士。但这个愿望未能马上实现，反而在1862年与1863年，日本各地勤王志士大举在京都汇集，交结朝廷公卿。在尊王攘夷的口号下，他们不惜牺牲，用暗杀方式消灭政敌，京都顿时成为急进政治的温床。由于这些冒险犯难的武士不计成败，亦全无政治野心，他们的精神以及所策划的各种义举，在近代日本政治史上留下非常深远的影响。而幕府亦不得不再冒大不韪之风险，推动另一波颇具争议的新政策以夺回主动权。
1863年，志士说服孝明天皇，向幕府提出马上攘除夷狄的要求。幕府被迫由将军亲到京都商议此事，这是自1634年德川家光到京都以来幕府将军的首次上访。此行象征地缘政治中心已渐由江户转移到京都。幕府本来寄盼在“公武合体”的名义下，同情幕府的大名能助其一臂之力，说服天皇取消攘夷。但结果令幕府大失所望，虽然各雄藩均了解到攘夷是天方夜谭，在朝议上却保持缄默，特别是举足轻重的萨摩藩，在商议的关键时刻却偷偷溜走，故朝廷被攘夷派压倒性操纵。将军没有其他选择，只好接受1863年6月25日为攘夷日期，最后黯然离开京都。
幕府官员很清楚其自身力量实不足以执行所谓“攘夷令”，故到此日，江户什么事都没有发生。但远处九州岛南端的长州藩却不同，藩军队伍中的勤王志士向美舰开炮，美法军舰马上还击，战斗持续了好几个星期，最后美法军队在下关登陆，捣毁沿岸一些炮台作为报复。列强本还打算进一步采取行动，但幕府及萨摩在京都已先发制人，联手把长州志士及倒幕的朝廷公卿逐出首都。
幕府接下来的工作是巩固其胜利果实。幕府命会津藩组成一支队伍，监控京都内外一切活动，不过又答允天皇“马上”实施攘夷，其方式是在日后关闭横滨港口。朝廷由于其激进派已遭剪除，除了接受幕府所言外，亦无其他办法。然危机仍未完全化解，1864年，各地的勤王志士聚集于长州，而长州藩主亦容许他们活动。以长州为基地，他们策划下一波行动。新攻势是组织勤王军队向京都推进，另在京都发动政变，希望内外配合，将天皇从德川幕府势力下挽救出来。不过由于萨摩及会津两藩仍忠于幕府，结果激进派功败垂成。幕府乘势征伐长州，并明言长州若不想灭亡，藩主必须将攻击京都的为首者处死，长州藩主最后不得不屈服。由于激进者被遣散，温和派重掌长州藩政，幕府遂志得意满，下令撤军，一时间主张“公武合体”者似乎占了上风，日本政局重新走回温和路线。
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幕府复兴、萨长反叛及国内动荡
由今日回顾，幕府的胜利很明显只不过是昙花一现，但在当时却不这么看。长州藩一败涂地，而德川庆喜则刚接任将军之职，年轻有为，颇有中兴气象。不过影响日本历史更重要的因素是过去数年的动荡不安，它逼使日本走上改变的道路，无论任何人当政都不能够再走回头路了。幕府及几个重要大名（尤其在九州）都已实施各项影响深远的政治及社会改造工作，其核心是广招人才，不论其出身背景，均能容纳至各军事及内政机构，进一步达成政治架构改造。
在幕府内部，戡定奉行（财政专员）小栗忠顺（1827—1868）从1865年便开始推动西式军事改革，其后更直接参与军务。小栗甚至考虑废除各名藩，成立一个全国中央政府。法国公使莱昂·罗什（Leon Roche）对此态度十分活跃，他积极提供小栗各种意见，甚至提供财政援助。但幕府中的保守派及旗本为了保护其传统利益，横亘在任何革新之中，因此小栗的军事及政治新政反而比不上一些地方大名改革的速度。1866年夏天，德川庆喜接任将军之职，支持小栗的改革计划。德川庆喜在1857—1858年的将军继嗣问题之争时，曾受当时改革派大名的支持，如今入继大统，决意与小栗及罗什合作，把幕府改造为一个西方民族国家政府。虽然幕府的保守力量仍不愿有任何改变，但革新已着手进行。整个改革方式与数年后的明治维新其实相当类似，假使幕府有幸“存活”下来，它的政治体制也许与其取代者不会有太大差异。
德川幕府的失败归于两个因素。首先是权力难以分享，各个外藩领导人大多不愿再回到昔日为德川臣属的状况，其中以长州及萨摩尤为明显；其次是各藩武士均已推动大规模改革，并取得军队领导权，有时连藩主亦无法控制他们，他们直接挑战德川权力，并将之击败。
长州志士在1864年的确遭遇滑铁卢之役，被赶出权力圈，但幕府并未彻底击溃他们，志士余党仍然活跃。他们利用西方武器及西法组成非正规部队，而且在兵队组织上有一重大社会突破，即容许农民参军（虽然有时农民是被胁迫的），其中又以长州藩高杉晋作（1839—1867）的奇兵队最为著名。在德川约260年的统治中，农民一直被严禁参军甚至持有武器，但现在却有机会上战场。农民参军的动机也许因人而异：有以参军为荣，亦有以参军是为天皇或国家服务。然无论如何，农民与武士所组成的军队具有高昂士气，战斗能力亦强。1865年，高杉晋作的奇兵队首先在长州藩内战中旗开得胜，藩的领导权再次落入急进派手中。由于长州类似萨摩，在十数年前便开始改革藩的财政，故藩内收支一向有剩余，长州军人有经济能力向英国购买武器及军舰，逐步发展成一支战斗力甚强的军队。
萨摩虽没有长州激进，直接挑战幕府权威，但亦一直促进其军队的现代化。由于萨摩实行重商政策，鼓励出口及种植如甘蔗一类的经济作物，故藩库收入甚丰，财政状况良好。同时萨摩亦如长州一样，拥有比例甚高的武士，一方面是防范幕府，另一方面亦因该藩离江户较远，幕府鞭长莫及。因此在先天背景上萨摩与长州十分相近，似乎应有合作空间，不过事实却不然，要把两藩牵引在一起并不容易，需要有一个无利害关系的第三者来催生。
土佐藩的坂本龙马担任了这个历史性的使命。前面提及坂本要刺杀胜海舟，但在胜的游说下，坂本由一个攘夷刺客转变为一个开国论者。1866年坂本秘密为萨摩及长州两藩作中介，助其结成秘密同盟，盟约规定若幕府攻击两藩中任何一方，另外一藩会给予支援。对付幕府的时机很快便到来，1866年夏天，幕府眼看长州的勤王志士日渐取回藩内控制权，它绝对不能忍受长州的第二次威胁，因此下令再次征伐长州，并命各大名参加。然而由于有盟约在先，萨摩拒绝参加，有些大名亦跟进。幕府因为师出无名，士气不振，结果为长州大败。
幕府不但战败，更严重的是幕府军队在众目睽睽下由本州岛南端溃散回来，威信大失，德川幕府的瓦解似乎指日可待，人民对未来浮想联翩，甚至有种大乱将至、末世即临的感觉。在幕府统治的最后两年中，农民反抗事件层出不穷，有些是反对苛捐杂税，有些则直接攻击农村的领导精英。其中以1866年最为突出，当年共有35次都市暴动，106次农民起事，大部分都发生在第二次长州之战以后。
最不寻常而又饶具趣味的是，在1867年末日本出现大规模的庆祝活动，范围由江户至大阪遍及整个本州岛中部，参与者极尽欢乐之能事，类似嘉年华会。事情起源于大阪、京都、名古屋以及很多城镇突然从天降下吉祥符咒。在少数地方，当局抓到一些人从屋顶撒下符咒，目的是要制造气氛，但是不是所有符咒都是有人故意制造或真的来自天意，现在无从稽考，但它却产生了强大效果。只要在有符咒降落的地方，人们都会跑到街上，尽情唱歌、跳舞及纵酒。他们的所作所为，是要挑战现有秩序。仔细看当时所留下来的歌曲内容，它们强烈反映出德川幕府覆灭前的政治斗争气氛，而大部分人都是站在倒幕一方。一个在大阪居住的英国人曾在1867年记下其所见所闻：
群众都穿上节日衣服，一面跳舞，一面唱着“这不是很好吗，这不是很好吗？”的歌曲，房屋用各色米饼、蜜柑、香袋、稻草及花朵装饰得一片热闹。衣服则是红色庆服，间中亦有蓝或紫色，很多舞者的头上都戴有红灯笼。群众如此狂热的原因，据说是天上掉下来无数纸片，上面写着伊势神宫两位神明的名字。
在上述极不寻常的突发性风潮影响下，无论幕府还是大名阵营，其重要人物均了解到后德川时代即将来临，他们必须谨慎计算出下一步的走法。问题的核心是谁能掌握发言权：是否由一个包容性强的大名会议取代幕府，最后走上类似西方议会制度的形式？或是由少数倒幕人士垄断新政权，形成寡头政治？答案当然不会马上出现，这些问题不只在倒幕时期存在，它亦是以后数十年间日本政治史上极为重要的问题。
在此关键时刻，土佐藩的坂本龙马及后藤象二郎（1838—1897）再度发挥其中介角色的作用。土佐的构想是以英国模式取代幕府，即以贵族及平民二院作为政权基础，贵族院由大名组成，平民院则由下级武士以及平民组成。1867年11月，将军德川庆喜终于被说服接受该建议，他向天皇上表，实行所谓“大政奉还”，同意卸去将军之职，天皇拥有主权名义及最后裁决权力。不过德川家保有原有领地，仍是最有影响力的大名，故在未来的大名会议中，幕府估计仍可继续扮演领导角色。
对幕府而言，它已经做出最大让步，但萨摩、长州及朝廷内的倒幕力量仍不满意，1867年12月，萨长联军进军京都，取得首都控制权。在萨长进军京都以前，孝明天皇崩殂，明治天皇新任帝位，联军入京后促请天皇维新。1868年1月，明治天皇宣布废除幕府，设置总裁、议定、参与三职，由朝廷公卿、大名及武士担任，对天皇负责，而德川在新政府中则无任何实职。这自然引致幕府怨恨，幕府与萨长军队遂发生冲突，但节节败退，由京都退回江户。1868年4月，胜海舟不经一战而举江户城投降倒幕阵营，对他而言，幕府实已日薄西山，不值得拼力死战，相反，如何和平建立新政治体制才是当前最重要的问题。
并非所有幕府派都效忠天皇，认同一个民族国家的政治实体。本州岛北部的大名对倒幕派尤其不信任，他们害怕会被萨长派摒斥于新政权之外，故誓死反抗到底，因而引起一场死伤颇重的战争，成为幕府及其效忠大名的最后堡垒。故明治天皇虽在1868年1月正式宣布“维新”，但战事真正平息则要到18个月以后，会津之役伤亡最为惨重，据说有3000人死于战事中。因此幕府的败亡并非兵不血刃，这在政治上其实是一场相当大的震动，引起不少混乱。然而经过攘夷派及倒幕派的多年活动，各地的勤王志士对政治及社会体制均已有新认识，大异传统。例如在19世纪60年代初，幕府及大名均派出代表团出使欧美，大部分代表在实地考察后，均放弃所谓立即“攘夷”的妄想。虽然各人之反应仍有差异，但这已反映出他们开始了解到西方科技以及政治制度的优点。
到1868年，有些人的想法更大胆，他们主张师夷长技以制夷，打算生聚教训十年后再驱逐洋人，现在他们连这种战术让步也放弃了。他们认识到日本最终无法自外于这个全球性的民族国家体制，这反映出志士们已出现某种民族自觉，至少在武士阶级中民族主义已经滋长。就民众方面而言，他们亦非如一般武士所认为的那样愚蠢或无知，他们对时局的变动抱有期待，甚至可以说有解放的感觉。很少人会为幕府的崩溃而悲哀，不过亦有很少人马上认同新政权。究竟谁会成为新的政治领导人？新政权会是如何的样子？当明治天皇在满天飘舞的符咒中宣布维新政府成立时，各种基本问题其实仍悬而未决。